Więzienie Pawiak zostało zaprojektowane przez znanego warszawskiego architekta Henryka Marconiego (autora pierwszych wodociągów warszawskich, Hotelu Europejskiego, czy też Kościoła św. Anny w Wilanowie wraz drogą krzyżową oraz innych znakomitych projektów).
Pawiak powstał z inicjatywy hrabiego Fryderyka Skarbka, który odbył podróż po innych więzieniach europejskich, żeby zobaczyć jakie są europejskie standardy przetrzymywania więźniów. Ówczesne warszawskie więzienie przy,ul. Leszno było bardzo przestarzałe i nie spełniało ówczesnych norm europejskich. Pawiak pierwotnie miał być więzieniem dla pospolitych przestępców. Powstał w latach 1830-1835. Mimo, że był to okres zaraz po powstaniu listopadowym nie był w tamtym czasie więzieniem politycznym. Tę rolę spełniała Cytadela Warszawska.
Na Pawiaku pierwsi więźniowie polityczni byli osadzani po powstaniu styczniowym. Ale prawdziwa czarna karta historii tego miejsca to II wojna światowa, kiedy to stał się największym niemieckim więzieniem politycznym na terytorium okupowanej Polski.
Na 100 tysięcy więzionych niemieccy zbrodniarze zamordowali 37 tysięcy, a 60 tysięcy wywieźli do obozów koncentracyjnych. Ocalało tylko 3 procent.
Budynek został przez hitlerowców zaminowany i wysadzony. Po wojnie odbudowano tylko część przyziemia. Obecnie mieści się w nim Muzeum Więzienia Pawiak, które jest oddziałem Muzeum Niepodległości.